1877 年﹝明治 10 年﹞，西南戰爭爆發，西郷隆盛率一萬三千薩摩軍自鹿児島北上，在熊本與政府軍交鋒，政府軍三千五百兵員堅守熊本城，薩摩軍屢次攻城不果，為免眈誤時間，薩摩軍兵分兩路，遺下三千兵員將城包圍，主力則繼續揮軍北上，薩摩軍嘗試從多個方向強攻，但熊本城牢不可破，政府軍死守城池五十二天，沒有一個薩摩軍可成功突破防衛，待政府軍援軍趕至，將圍城的薩摩軍擊退。要知熊本城是加藤清正於 1601 至 1607 年間修建的，當時武器的威力實不可跟二百多年後西南戰爭時的相比，但熊本城依然在近代的西南戰爭中發揮了效用。難怪西郷隆盛亦慨嘆擊敗他的非政府軍，而是加藤清正。
在薩摩軍發動攻勢之前，熊本城的天守閣發生大火。起火原因眾說紛紜，有說火是薩摩軍放的，亦有說守軍恐防失守後設施會為敵軍所用而故意放火，更有說守軍為免視野受阻而故意將天守燒毀……。無論如何，熊本城現在的天守閣是上世紀六十年代以鋼筋混凝土仿原貌重建的。
城南面沿坪井川有一列城牆，稱為「長塀」，長達 242 米，是日本現存最長的城牆，亦是重要文化遺產。乘市電抵熊本城‧市役所前下車，最先見到的熊本城跡就是長塀。
宇土櫓以及城東側的一列櫓，則大致保留著原貌，是重要文化遺產，其中宇土櫓是熊本城唯一幸存的多層櫓，三層五階﹝外表看來有三層，裏面分五階﹞的木建築，要脫鞋才可入內參觀，入口有專人派發膠袋給遊客裝鞋攜帶入內。內裏的木樓梯徙峭得很，當日揹著背囊手抽裝著鞋的袋頸掛一部單反，爬上頂層實在是夠味。
